森田文庫(森田紀念文庫) 約770冊

森田久万人(1858(安政5)年-1898(明治31)年)(熊本洋学校卒・明治12年同志社英学校余科大1回卒・同志社神学校教授)の永眠後、校友の寄付金にて購入された森田久万人旧蔵書を、同窓ら258人より寄贈されたもの。一般図書と混配、特殊文庫扱いもされていないが、文庫各冊には「森田紀念文庫」の蔵書票が貼付してあり、多くのものに"H.K.Morita"の署名や購入地名や年月日が英文で記されている。(1971(昭和46)年2月1日びぶりおてかNo.8要約)
19世紀中期以降の哲学、宗教関係の洋書が多い。
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三宅文庫 1,370冊

校友・元常務理事の三宅利平(明治26年普通学校卒)の出資により、本館館長(のち慶応義塾大学教授・経済史家)の瀧本誠一が所有する原書を購入し寄贈されたもの。経済学関係の英書。
(大部分が経済学部研究室に保管され、図書館には数十冊程度しかない。「瀧本氏寄託書籍控 大正3年10月」によるとその後大正6年4月までに増加した43冊をいれて1,156冊になる)
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フリント文庫 260冊

新島襄の在米時代の師友エフライム・フリント夫人より寄贈。主として1880~1895年刊行の英文キリスト教関係文献。260冊(The Catalogue of the books of the Flint Caseによる)

小林文庫 1,011冊

校友であり、元常務理事小林正直(明治26年普通学校卒)の寄付金1万円の年間利子で毎年購入したもの。経済・教育に関する図書を毎年購入したもの。
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吉田文庫 586冊

校友吉田作弥(明治12年英学校予科第1回卒)の旧蔵書を浮田和民、堀定一等の有志の好意で寄贈されたもの。哲学、外交、法律、文学書が多い。

岡田文庫 798冊

校友岡田政太郎(明治44年普通学校卒)の旧蔵書を森中貞一ほか有志の好意により寄贈されたもの。文学、語学、哲学関係書が比較的多い。

安東偉人文庫 646タイトル

安東長義(大正7年大学神学部卒、同志社嘱託)の寄付に基づき寄付者の意思により、偉人伝記及び評論等に関する図書を購入したもの。

原田文庫 720冊

第7代総長原田助(1863(文久3)年~1940(昭和15)年)の旧蔵書を寄贈されたもの。キリスト教関係書が多い。

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百首異見
和泉式部物語

横田文庫 154冊

校友横田安止(明治23年普通学科卒)の旧蔵書を故人の遺志により夫人より寄贈されたもの。ほとんど洋書。

村上文庫 188冊

校友村上小源太(明治14年英学校本科卒)の旧蔵書を故人の遺志により嗣子義次より寄贈されたもの。ほとんど和書。

加藤文庫 1,833冊

校友加藤小太郎(明治31年政法学校卒)の旧蔵書を故人の遺志により夫人小咲より寄贈されたもの。

高柳文庫  467タイトル

校友で中国関税制度の研究者高柳松一郎(明治30年政法学校卒)の旧蔵書を寄贈されたもの。社会科学関係書が中心で、特に経済学、国際関係文献が比較的多い。

デントン文庫 458冊

同志社女子教育の功労者、メリー・フローレンス・デントンの旧蔵書を同志社女子専門学校教授の星名ヒサより寄贈されたもの。すべて洋書で文学書が多い。

浮田文庫 416タイトル

熊本洋学校卒、早稲田大学教授の浮田和民(安政6~昭和21)(明治12年同志社英学校余科第1回卒)の旧蔵書を寄贈されたもの。各主題にわたっているが、西洋史、西洋人の伝記が多い。

荒木文庫 約20,000冊

加奈陀サン生命保険会社に勤務、民間英語学者でもある荒木和一(1872(明治5)-1957(昭和32))の旧蔵書を遺族より寄贈されたもの。

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地學初歩和解
海外諸島圖説
地理全志
地球説畧
國郡全圖
和泉名所圖會

中瀬古文庫 約2,600冊・雑誌類多数

校友中瀬古六郎(明治2~昭和20、明治22年英学校普通科卒)の旧蔵書を息女の同志社女子大学教授和より寄贈されたもの。化学書が多い。

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七言絶句
五七言律排律
女孝經

下村文庫 424冊

第6代同志社社長下村孝太郎の旧蔵書をご遺族の次男下村孝次より424冊(化学関係の洋書中心)の寄贈されたもの。

新島旧邸文庫 1,059点

校祖新島襄の手拓本、八重夫人旧蔵書および新島家伝来の蔵書。現在は社史資料センターで管理。